一、系统边界的确定
自然语言系统的边界，是研究者在特定分析任务中确定的研究范围。边界的确定需要说明所研究的是某种语言整体、某一语言层级、某个具体表达结构，还是某一特定交际活动。
确定边界时，应考察以下内容：
研究对象：具体分析哪一种自然语言或哪一类语言结构。
组成要素：哪些语言单位属于当前系统内部要素。
连接关系：哪些组织规则和关系属于当前系统结构。
表达功能：当前系统承担什么范围的信息表达任务。
外部条件：哪些因素属于系统运行所依赖的环境或解释条件，而非系统内部结构。
系统边界会影响要素和功能的认定。同一表达结构在不同研究范围中可能具有不同的分析身份，但每次分析都应明确边界，避免在论证过程中随意改变对象范围。
二、自然语言与非语言信号的边界
自然语言表达可能与表情、姿态、指向动作、环境声响及其他非语言信息共同出现。这些信息可以影响语言解释，但并非所有非语言信号都属于自然语言系统内部结构。
判断某一形式是否属于自然语言系统，需要考察它是否具有语言使用群体共同认可的符号约定，是否参与相对稳定的语言组织关系，以及是否承担语言表达功能。自然手语属于自然语言，是因为它具有自身的符号单位、组织规则和语言表达能力；临时性手势或偶发动作则不能仅因传递信息就自动归入自然手语系统。
三、自然语言与文字系统的边界
文字系统用于记录和呈现语言信息，具有独立的文字符号及组织规则。分析语言系统时，可以研究其文字表现形式，但不能因此把文字系统与自然语言整体等同。
语音语言可以通过文字系统记录和呈现；自然手语具有自身的视觉手势结构，也可以通过相应的书写系统或手语转写系统记录，但不能把一般文字记录等同于自然手语本身。
文字形式与语言之间的对应关系需要结合具体语言和书写系统分析。一种文字系统也可能被不同语言采用或调整，因此不能仅凭文字形式判断其所对应的自然语言结构。
四、自然语言系统的分析步骤
对具体自然语言结构进行分析，可以依次进行以下工作：
确定研究对象和系统边界。
识别当前结构中的语言要素及其内部组成。
分析要素之间的连接关系和组织规则。
判断结构所承担的表达功能。
根据表达范围确定其语元、语词、语句、语段或语篇层级身份。
分析语言系统及其结构的形成机制和具体实现形式。
考察接收者识别和解释所需的语言知识及语境条件。
将具体结构置于更大的自然语言系统中，分析其与其他结构之间的关系。
五、分析原则与适用范围
五级结构和七维分析框架旨在提供统一的分析逻辑，但不能取代对具体语言事实的调查和研究。研究不同自然语言时，应尊重其实际结构和使用习惯；当某一单位无法准确套入既有分类时，应说明其特点或调整分析边界，而不是为了保持分类整齐而强行归类。
本理论中的自定义概念用于建立系统层面的分析框架，不意味着传统语言学中的相关概念失效。两种体系可以在明确概念含义和适用范围的前提下进行对照，但不能把术语相似直接视为概念相同。
